Las entidades que conforman el equipo de SJM son: la fundación Migra-Studium (Barcelona), la fundación San Juan del Castillo – Centro Pueblos Unidos (Madrid), la Fundación social Ignacio Ellacuría (Bilbao) y la Asociación Voluntariado Claver (Sevilla). Junto a ellas, colaboran otras entidades que forman la red SJM vinculadas a la Compañía de Jesús, como la Asociación Atalaya Intercultural (Burgos), el Centro P. Rubio (Madrid), la Fundación Red Íncola (Valladolid), el Centro Lasa (Tudela) y el Instituto de Migraciones de la Universidad Comillas (Madrid).
Se coordina con otros Servicios Jesuitas a Migrantes, especialmente con el Servicio Jesuita a Refugiados en Europa (JRS-Europe), cuya labor representa en España; y también con la Red Jesuita con Migrantes de la CPAL (América Latina y el Caribe).